El Servicio de Microbiología clínica realiza el diagnóstico microbiológico de los pacientes con patología infecciosa atendidos en el área sanitaria. Además, proporciona consultoría al resto de servicios del Hospital y a Atención Primaria para la adecuada extracción de muestras clínicas y su interpretación. Colabora activamente en las actividades de optimización de uso de antibióticos y de control de microorganismos resistentes. Desarrolla diferentes líneas de investigación y proporciona docencia pre y postgrado, y especializada. Realiza sus tareas en coordinación con los otros dos servicios de la Unidad.
Se trata de un Servicio que cuenta con la acreditación en calidad por la ACSA, considerado como referente nacional e internacional, especialmente en el campo de la resistencia antimicrobiana. Contiene dos laboratorios de referencia:
1) Laboratorio de referencia del programa de vigilancia de infecciones relacionadas con la asistencia sanitaria y programas de uso adecuado de antimicrobianos de Andalucía (Programa PIRASOA) para todo el SSPA y
2) Laboratorio de referencia de resistencia a antiretrovirales.